高压二氧化碳系统安装完毕，投入运行的二氧化碳灭火系统通常处于戒备状态，系统中的各类火灾探测器昼夜不停地监视着各个保护区域或保护对象。当保护区域内出现火灾时，将首先被该区域内火灾探测器检测到，并发出信号送给报警控制器。控制器对火险信号进行识别和判断，一旦火灾被确认，控制器将会立即发出火险警报。

此时，如果灭火系统的开启方式置于“自动”状态，则警报控制器在接收到同一区域内相邻两只不同类型的火灾探测器同时发出的火险信号后，会自动启动灭火控制器，系统进入喷放前30秒倒计时阶段。在倒计时期间，控制器通过设在保护区域内外的声光报警器发出紧急撤离疏散警报，并联动关闭可能影响灭火效果的有关设备（如通风机、空调、防火卷帘等）。倒计时结束，灭火控制器即向相关的电磁阀发出启动信号，打开启动瓶上的电磁阀，释放出来的高压启动气体打开相应的选择阀和二氧化碳储瓶容器阀，储瓶内的二氧化碳灭火剂经管网和喷嘴喷放到火灾区域或保护对象上，实施灭火。

如果灭火系统的开启方式置于“手动”状态，则火灾探测器的动作只会引起火灾报警，不能使二氧化碳自动喷放。需要由区域内外的工作人员用手按动紧急启动按钮，才能启动二氧化碳灭火系统进行灭火。

在自动和手动失灵的情况下，操作人员还可以采用机械应急启动方式进行启动灭火。